MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Cyanothece sp. PCC 7424 plasmid pP742405

Total Repeats: 238

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011733	TAT	2	6	780	785	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442326
2	NC_011733	TCC	2	6	881	886	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	218442326
3	NC_011733	TAA	2	6	898	903	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442326
4	NC_011733	TCT	2	6	923	928	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218442326
5	NC_011733	AGA	2	6	931	936	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	218442326
6	NC_011733	ATT	2	6	938	943	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442326
7	NC_011733	ATC	2	6	976	981	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218442326
8	NC_011733	A	6	6	1037	1042	100 %	0 %	0 %	0 %	218442326
9	NC_011733	TAA	2	6	1065	1070	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442326
10	NC_011733	CAA	2	6	1104	1109	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	218442326
11	NC_011733	ATAA	2	8	1135	1142	75 %	25 %	0 %	0 %	218442326
12	NC_011733	TAA	2	6	1162	1167	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442326
13	NC_011733	TTC	2	6	1209	1214	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218442326
14	NC_011733	TA	4	8	1237	1244	50 %	50 %	0 %	0 %	218442326
15	NC_011733	A	6	6	1261	1266	100 %	0 %	0 %	0 %	218442326
16	NC_011733	GTATT	2	10	1296	1305	20 %	60 %	20 %	0 %	218442326
17	NC_011733	TAAA	2	8	1318	1325	75 %	25 %	0 %	0 %	218442326
18	NC_011733	TGAAG	2	10	1374	1383	40 %	20 %	40 %	0 %	218442326
19	NC_011733	T	8	8	1406	1413	0 %	100 %	0 %	0 %	218442326
20	NC_011733	TCA	2	6	1418	1423	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218442326
21	NC_011733	TA	3	6	1443	1448	50 %	50 %	0 %	0 %	218442326
22	NC_011733	ATCT	2	8	1509	1516	25 %	50 %	0 %	25 %	218442326
23	NC_011733	T	6	6	1553	1558	0 %	100 %	0 %	0 %	218442326
24	NC_011733	TCT	2	6	1586	1591	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218442326
25	NC_011733	A	8	8	1597	1604	100 %	0 %	0 %	0 %	218442326
26	NC_011733	AT	3	6	1613	1618	50 %	50 %	0 %	0 %	218442326
27	NC_011733	AGA	2	6	1657	1662	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	218442326
28	NC_011733	AAGT	2	8	1689	1696	50 %	25 %	25 %	0 %	218442326
29	NC_011733	ATC	2	6	1777	1782	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218442326
30	NC_011733	ATCAAA	2	12	1816	1827	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	218442326
31	NC_011733	TCT	2	6	1850	1855	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218442326
32	NC_011733	ATG	2	6	1892	1897	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442326
33	NC_011733	ATT	2	6	2128	2133	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442327
34	NC_011733	AGA	2	6	2139	2144	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	218442327
35	NC_011733	AAC	2	6	2182	2187	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	218442327
36	NC_011733	TAT	2	6	2262	2267	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442327
37	NC_011733	ACA	2	6	2268	2273	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	218442327
38	NC_011733	A	6	6	2303	2308	100 %	0 %	0 %	0 %	218442327
39	NC_011733	GA	3	6	2366	2371	50 %	0 %	50 %	0 %	218442327
40	NC_011733	TCT	2	6	2400	2405	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218442327
41	NC_011733	TGA	2	6	2520	2525	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442327
42	NC_011733	GGAA	2	8	2696	2703	50 %	0 %	50 %	0 %	218442327
43	NC_011733	CTT	2	6	2848	2853	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218442327
44	NC_011733	TCA	2	6	2896	2901	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218442327
45	NC_011733	TCA	2	6	2950	2955	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218442327
46	NC_011733	AGT	2	6	2979	2984	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442327
47	NC_011733	TAG	2	6	2990	2995	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442327
48	NC_011733	GTT	2	6	3067	3072	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	218442327
49	NC_011733	CAAT	2	8	3114	3121	50 %	25 %	0 %	25 %	218442327
50	NC_011733	A	7	7	3152	3158	100 %	0 %	0 %	0 %	218442327
51	NC_011733	GTA	2	6	3161	3166	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442327
52	NC_011733	CAA	2	6	3176	3181	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	218442327
53	NC_011733	ATT	2	6	3274	3279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442327
54	NC_011733	AGT	3	9	3280	3288	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442327
55	NC_011733	AATT	2	8	3362	3369	50 %	50 %	0 %	0 %	218442327
56	NC_011733	AGA	2	6	3563	3568	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	218442328
57	NC_011733	C	6	6	3575	3580	0 %	0 %	0 %	100 %	218442328
58	NC_011733	TTA	2	6	3608	3613	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442328
59	NC_011733	TGA	2	6	3623	3628	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442328
60	NC_011733	CAGATG	2	12	3748	3759	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	218442328
61	NC_011733	A	6	6	3792	3797	100 %	0 %	0 %	0 %	218442328
62	NC_011733	TAA	2	6	3801	3806	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442328
63	NC_011733	TTG	2	6	7463	7468	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	218442329
64	NC_011733	ATAC	2	8	7483	7490	50 %	25 %	0 %	25 %	218442329
65	NC_011733	GCC	2	6	7494	7499	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218442329
66	NC_011733	AAT	2	6	7541	7546	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442329
67	NC_011733	AAT	2	6	7550	7555	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442329
68	NC_011733	TCC	2	6	7556	7561	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	218442329
69	NC_011733	TAT	2	6	7570	7575	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442329
70	NC_011733	TAT	2	6	7627	7632	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442329
71	NC_011733	TAGTA	2	10	7703	7712	40 %	40 %	20 %	0 %	218442329
72	NC_011733	GTT	2	6	7783	7788	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	218442329
73	NC_011733	CAT	2	6	7799	7804	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218442329
74	NC_011733	GAT	2	6	7821	7826	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442329
75	NC_011733	TTA	2	6	7833	7838	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442329
76	NC_011733	CAG	2	6	7852	7857	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218442329
77	NC_011733	TGT	2	6	7896	7901	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	218442329
78	NC_011733	TAGTG	2	10	7906	7915	20 %	40 %	40 %	0 %	218442329
79	NC_011733	TA	3	6	7951	7956	50 %	50 %	0 %	0 %	218442329
80	NC_011733	TCA	2	6	8103	8108	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218442329
81	NC_011733	GGA	2	6	8109	8114	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	218442329
82	NC_011733	T	6	6	8125	8130	0 %	100 %	0 %	0 %	218442329
83	NC_011733	ATT	2	6	8183	8188	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442329
84	NC_011733	TTC	2	6	8201	8206	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218442329
85	NC_011733	GGA	2	6	8211	8216	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	218442329
86	NC_011733	CTT	2	6	8224	8229	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218442329
87	NC_011733	GAG	2	6	8238	8243	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	218442329
88	NC_011733	GTT	2	6	8245	8250	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	218442329
89	NC_011733	T	6	6	8249	8254	0 %	100 %	0 %	0 %	218442329
90	NC_011733	TGT	2	6	8310	8315	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	218442329
91	NC_011733	G	7	7	8355	8361	0 %	0 %	100 %	0 %	218442329
92	NC_011733	ACT	2	6	8426	8431	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218442329
93	NC_011733	GA	3	6	8488	8493	50 %	0 %	50 %	0 %	218442329
94	NC_011733	TCTGT	2	10	8502	8511	0 %	60 %	20 %	20 %	218442329
95	NC_011733	AGA	2	6	8540	8545	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	218442329
96	NC_011733	TTTC	2	8	8571	8578	0 %	75 %	0 %	25 %	218442329
97	NC_011733	GTC	2	6	8627	8632	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218442329
98	NC_011733	CTG	2	6	8644	8649	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218442329
99	NC_011733	GTTG	2	8	8655	8662	0 %	50 %	50 %	0 %	218442329
100	NC_011733	GTTT	3	12	8672	8683	0 %	75 %	25 %	0 %	218442329
101	NC_011733	CTG	2	6	8743	8748	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218442329
102	NC_011733	TTC	2	6	8777	8782	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218442329
103	NC_011733	TCA	2	6	8802	8807	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218442329
104	NC_011733	TG	3	6	8812	8817	0 %	50 %	50 %	0 %	218442329
105	NC_011733	GATT	2	8	8822	8829	25 %	50 %	25 %	0 %	218442329
106	NC_011733	TCC	2	6	8865	8870	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	218442329
107	NC_011733	TGG	2	6	8935	8940	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	218442329
108	NC_011733	CAT	2	6	8990	8995	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218442329
109	NC_011733	GCG	2	6	8997	9002	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218442329
110	NC_011733	TTC	2	6	9047	9052	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218442329
111	NC_011733	TAA	2	6	9092	9097	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442329
112	NC_011733	T	6	6	9149	9154	0 %	100 %	0 %	0 %	218442329
113	NC_011733	AGT	2	6	9203	9208	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442329
114	NC_011733	CAG	2	6	9209	9214	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218442329
115	NC_011733	CCA	2	6	9265	9270	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	218442329
116	NC_011733	CAT	2	6	9448	9453	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218442329
117	NC_011733	TCA	2	6	9522	9527	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218442329
118	NC_011733	GGCAGC	2	12	9551	9562	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	218442329
119	NC_011733	GAT	2	6	9607	9612	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442329
120	NC_011733	A	6	6	9928	9933	100 %	0 %	0 %	0 %	218442330
121	NC_011733	GAGAA	2	10	9982	9991	60 %	0 %	40 %	0 %	218442330
122	NC_011733	A	7	7	10006	10012	100 %	0 %	0 %	0 %	218442330
123	NC_011733	GAT	2	6	10038	10043	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442330
124	NC_011733	AAG	2	6	10150	10155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	218442330
125	NC_011733	TTA	2	6	10181	10186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442331
126	NC_011733	A	6	6	10199	10204	100 %	0 %	0 %	0 %	218442331
127	NC_011733	TGT	2	6	10216	10221	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	218442331
128	NC_011733	CTC	2	6	10256	10261	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	218442331
129	NC_011733	AAT	2	6	10290	10295	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442331
130	NC_011733	CT	3	6	10302	10307	0 %	50 %	0 %	50 %	218442331
131	NC_011733	TAG	2	6	10436	10441	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218442331
132	NC_011733	CCTG	2	8	10510	10517	0 %	25 %	25 %	50 %	218442331
133	NC_011733	ATT	2	6	10685	10690	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442331
134	NC_011733	GTTCT	2	10	10845	10854	0 %	60 %	20 %	20 %	218442331
135	NC_011733	TGT	2	6	10922	10927	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	218442331
136	NC_011733	ATT	2	6	11792	11797	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442332
137	NC_011733	TAT	2	6	11809	11814	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442332
138	NC_011733	TG	3	6	11853	11858	0 %	50 %	50 %	0 %	218442332
139	NC_011733	A	6	6	11862	11867	100 %	0 %	0 %	0 %	218442332
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141	NC_011733	AT	3	6	11931	11936	50 %	50 %	0 %	0 %	218442332
142	NC_011733	ATT	2	6	11990	11995	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218442332
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164	NC_011733	TTTG	2	8	13188	13195	0 %	75 %	25 %	0 %	218442333
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171	NC_011733	TAA	2	6	13744	13749	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	218442334
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178	NC_011733	A	6	6	14125	14130	100 %	0 %	0 %	0 %	218442335
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238	NC_011733	T	8	8	18054	18061	0 %	100 %	0 %	0 %	218442341

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.